善姓起源主要有三：

源流一

出自上古，始祖为善卷。

源流二

出自芈姓。周代楚王同族有善姓。

源流三

出自古楼兰国。楼兰国灭亡后，余民成立鄯善国，生活在孔雀河沿岸。后来因为气候变迁，孔雀河干涸，鄯善人移居吐鲁番，居民称善姓。如今善姓大部为楼兰后裔。